Bước vào cổng chùa, ta gặp ngay một ngôi tháp 10 tầng hình lục lăng, đó là tháp Diệu Quang. Tiếp đó là nhà bia có tấm bia kể lại sự tích chùa.


Qua sân rộng là nhà bái đường, sau đó là hậu cung. Một khoảnh sân trồng hoa ngăn cách hậu cung với nhà tổ. Trong chùa có 15 pho tượng. Điều khiến cho chùa Liên Phái được coi như một di tích lịch sử giá trị chính là khu vườn tháp phía sau chùa. Tại đó, trên một gò đất cao có 9 ngôi tháp xây thành 3 hàng: hàng thứ nhất có hai ngôi, hàng giữa có năm ngôi và hàng sau hai ngôi. Hàng giữa choán phần cao nhất có ngôi tháp Cứu Sinh bằng đá là nơi táng hài cốt vị sư tổ thứ nhất, đồng thời là người sáng lập ra chùa Liên Phái: phò mã Trịnh Thập. Sự tích vị sư tổ Trịnh Thập được kể lại như sau: Trịnh Thập (hay Hợp, sinh năm 1696, mất năm 1733) là một tôn thất họ Trịnh được lập phủ đệ riêng ở phường Hồng Mai (nay là Bạch Mai).


Mộtlần Trịnh Thập cho đào đất ở gò cao sau nhà để xây bể nước thì thấy trong lòng đất có một tảng đá hình ngó sen. Phò mã cho đó là dấu hiệu của Phật và tin rằng mình có duyên với đạo này. Sau đó, Trịnh Thập biến phủ đệ của mình thành chùa Liên Tông, đồng thời xuống tóc đi tu và trở thành vị tổ thứ nhất của chùa này. Khi mới 37 tuổi, sư tổ mất và hài cốt được táng trong ngôi nhà tháp xây ở giữa gò, nơi từng đào được ngó sen đá. Đó là tháp Cứu Sinh. Theo một tấm bia hiện còn ở chùa khắc năm 1857 thì chùa được xây vào năm 1726. Đến thế kỷ XIX, chùa Liên Tông đổi tên thành Liên Phái. Và ngôi chùa đã trên 250 năm, ngôi tháp Cứu Sinh cũng ngần ấy tuổi. Đây là ngôi tháp cổ có lai lịch rõ ràng nhất, hiện ở khu vực nội thành Hà Nội.