Nơi đây được coi là “chốn tổ” của phái Tào Động, một trong hai phái lớn nhất của Thiền Tông miền Bắc Việt Nam.


Xưa kia, phạm vi chùa khá lớn, song qua nhiều lần sửa chữa, trùng tu lớn vào các năm 1687, 1899 và 1952, mỗi lần chùa một hẹp dần lại như hiện nay. Tuy nhiên chùa vẫn còn khá rộng rãi, u tịch, thoang thoảng mùi hương các loại hoa với những đường đi lối lại, các khoảnh sân nho nhỏ dưới những tán cổ thụ xanh tốt quanh năm. Phía trước là chính điện, phía sau có nhà tổ và tăng phòng với dãy hành lang xung quanh. Trong chùa còn lưu giữ một số bia đá, cổ hơn cả là tấm bia dựng năm Chính Hòa 24 (1703) ghi rõ vị trí chùa ở phường Hòe Nhai tại Đông Bộ Đầu, tức bến Đông. Chính nhờ tấm bia đá này mà giới sử học ngày nay đã xác định được vị trí trận chiến thắng ngày 29-1-1258 của dân tộc ta mà sử cũ gọi đó là chiến thắng Đông Bộ


Đầu đánh đuổi giặc Nguyên, giải phóng kinh thành là ở gần chùa Hòe Nhai này. Chùa có 36 pho tượng, cổ nhất là tượng Cửu Long, còn gọi là Thích Ca mới ra đời, và đặc sắc nhất là tượng vị Phật ngồi trên lưng một ông vua nằm phủ phục. Pho tượng này có lẽ được tạc theo điển tích về việc vua Đế Thích Indra tình nguyện làm giường cho Phật Thích Ca ngồi thuyết pháp. Cũng tại chùa Hòe Nhai, Thành hội Phật giáo Hà Nội đã dựng tháp Ấn Quang để kỷ niệm Hòa thượng Thích Quảng Đức tu tại chùa ấn Quang, Sài Gòn đã tự thiêu ngày 11-6-1963 để phản đối Ngô Đình Diệm và chế độ cai trị tàn bạo của ông ta. Bước vào chùa, để lại sau lưng cái ồn ã, náo nhiệt của phố phường đô hội, tâm hồn ta như được thư thái, nhẹ nhõm hơn.