Tương truyền từ năm 684, dưới thời nhà Đường, chùa đã được xây cất trên mảnh đất có thế “rồng cuốn đàn cá chép”, chầu về hướng làng Phương Nhị - nơi có mộ Đô hộ phủ Cao Biền; chính vì nằm giữa bốn bề là ao hồ nên chùa mới có tên Bất Nhiễm.



Trải qua bao thăng trầm của lịch sử, chùa bị bắn phá rồi bị cháy nên không còn giữ được kiến trúc cổ, song lạ kỳ thay, góc chùa còn vẹn nguyên dáng dấp cổ xưa của một cây sữa mà phụ nữ khắp vùng này bao đời nay thường trang trọng tới đây xin lấy vài giọt nhựa cây, vào chùa khấn thầm rồi hòa nước uống để đạt ý nguyện có nhiều sữa nuôi con... Cây sữa này cũng chính là nơi treo lá cờ đầu tiên của tổ chức Nông hội đỏ thành lập cách đây hơn 70 năm.

Bất Nhiễm Tự nay thuộc thôn Thọ Am, xã Liên Ninh, Thanh Trì, Hà Nội. Nơi đây vẫn còn phảng phất nét đặc trưng của một làng Việt cổ và theo lời cụ Phùng Hữu Kiêm, SN 1920, một trong số hàng trăm người già trong làng (cả làng có tới 14 cụ thọ từ 90-99 tuổi): thuở xa xưa, giữa làng là khoảng 20 cái ao vuông thành sắc cạnh, chạy thành vệt dài, giữa là bờ đi nho nhỏ. Nguyên do vì nhà nào khi xây cất cũng đào đất giữa làng để đắp nền nhà, tạo thành ao liền kề cho tiện việc sinh hoạt và lấy nước chữa cháy (bởi mái nhà nào cũng lợp toàn bằng rơm rạ). Ngày nay, với đà đô thị hóa, nét đặc trưng trên vô tình tạo cho Thọ Am sự ngăn nắp, gọn gàng thành những dãy phố nhỏ, giữa có lối đi rộng rãi, bao bọc lấy làng vẫn là những bụi tre rậm rạp.



Trước sân đình Thọ Am - nơi lưu giữ 37 đạo sắc do vua Lê ban cho từ những năm đầu thế kỷ 17 vẫn còn một cái ao rộng và 5 cây quéo thân rộng 2 người ôm không xuể. Hậu cung đình là nơi nuôi giấu cán bộ cách mạng; chùa Thọ Am ghi dấu những ngày hoạt động cách mạng đầu tiên của nguyên Tổng Bí thư Đỗ Mười (quê hương ông chính là làng Nhót) cùng các ông lang Bằng, Nguyễn Thọ Chân, 3 chị em bà Nhì, bà Tam, bà Tứ... Thọ Am đã và đang giàu lên với nhiều nghề phụ, không còn nghề bện thừng nứa; những người con Thọ Am xa quê có quyền tự hào khi nhớ về nét đặc trưng thuần Việt của làng mình, nhớ về di tích lịch sử chùa Bất Nhiễm và tự hào vì là mảnh đất hiền hòa có nhiều người sống cao tuổi.